公元2195年，谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时，民间企业ネルガル重工‎NERGAL完成了实验战舰ND-001ナデシコNadesico的建设。 即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场 (Distortion Field) 防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了“能力一流，不问性格”的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。 火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的ナデシコNadesico。其后明人虽然被聘请为ナデシコNadesico的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯 (Aestivalis) 进行战斗…… 本故事就讲述一班在ナデシコNadesico上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞……

公元2195年，谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时，民间企业ネルガル重工‎NERGAL完成了实验战舰ND-001ナデシコNadesico的建设。 即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场 (Distortion Field) 防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了“能力一流，不问性格”的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。 火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的ナデシコNadesico。其后明人虽然被聘请为ナデシコNadesico的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯 (Aestivalis) 进行战斗…… 本故事就讲述一班在ナデシコNadesico上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞……

公元2195年，谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时，民间企业ネルガル重工‎NERGAL完成了实验战舰ND-001ナデシコNadesico的建设。 即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场 (Distortion Field) 防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了“能力一流，不问性格”的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。 火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的ナデシコNadesico。其后明人虽然被聘请为ナデシコNadesico的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯 (Aestivalis) 进行战斗…… 本故事就讲述一班在ナデシコNadesico上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞……

地球和木連結盟後，宇宙總算恢復和平。天河明人和御統由利加終於結婚了，但是在新婚旅行中，他們因乘坐的飛機失事爆炸而遇難……然後，三年過去了。此作是機動戰艦TV版放1996年放送後，於1998年分開的劇場版 The Prince of Darkness。八號殖民地「白雪公主」被人襲擊了，以星野琉璃為艦長的Nadesico B被委派作出调查。但是琉璃與Nadesico 一行如何應付名為「火星的繼任者」標榜著新的秩序的對手嗎？

被称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年，面对拥有压倒性力量的敌人，地球军束手无策，火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战” 　　一年之后，为了夺回火星，民间组织尼鲁加路重工以最新的科技造出新型战舰NADESICO号，召集来的船员包括以年轻的女舰长御统由利加为首，她青梅竹马的朋友，身兼厨师和机师的天河名人，其他船员虽然各有所长，但人格和来历都有一点问题。 　　在战斗变得白热化之际，一个重大的真相被揭发了，敌人原来是100年前被放逐到木星的地球人子孙。他们想得到能够令其运用来往行星间的瞬间移动技术，玻色子跳跃的火星遗迹。 　　跟木连的和谈以失败告终，为了争夺火星的遗迹，NADESICO、木连和尼鲁加路的三方混战开始了，到此为止，是地球跟木连战斗的历史，后来，地球和木连结盟，宇宙总算恢复和平，以上是TV版的剧情。

1945年3月，日本國民驚恐的生活在美軍的B-29轟炸機的威脅之下。有鑒於此，日本連合艦隊司令部考慮以新建造完成的超弩級戰艦大和號做為旗艦組成第二艦隊出擊。經過正反兩方激辯之後，終於決定使之出動。並訂定"天一號作戰"之名實施備戰。 　　而搭上這艘戰艦的有剛好艦內有必須進行 手術的病患之故而無法上岸休假的軍醫(見明)，以及擁有美國居留權的中谷少尉(和田孝)，還有各自懷抱著自己的問題的其他軍士。大和戰艦就這樣載著各種的想法，出戰駛往目的地沖繩。然而等待著大和戰艦以及軍士們的命運卻是.....

突如其来的外星神秘敌人格米拉斯向地球发起了进攻。世界各国集结全部战力进行防卫，却惨遭覆没。格米拉斯投下了无数的游星炸弹，人类大部分被炸死。2199…

庵野秀明将执导动画《宇宙战舰大和号》。